在汉唐之间的道经、北斗经、南斗经，就有详尽记载紫微斗数命主星与身主星的排列方法紫微斗数免费飞星，命主星身主星正是攸关人生劫数关卡的重要关键，因而据以有了道教的“祈安礼斗”祈禳科仪。

而且在北斗经中很正式的提述有关紫微斗数“十二宫”、“甲吉助星”、以及紫微斗数各种凶恶“格局”所引发种种的命运灾劫；这时候，北斗经南斗经的正式经文与紫微斗数的关连已经甚为紧密；而如果当时经文注解之“经注”能有流传至今，相信会有更详尽的紫微斗数要诀。从14主星以“紫微”为主导，而渊源于南北“斗”经，其中蕴藏大量玄学“数”理推算→所以后世称为紫微斗数，实有其渊源意涵。

紫微斗数之名则首见于明神宗万历35年（1607年）由第五十代正一道天师张国祥辑成的《续道藏》，其中收有《紫微斗数》三卷，作者佚其名，根据其内容来看这三卷紫微斗数其实是“十八飞星”之术；清初编《四库全书》于子部术数累计收有术数五十种，不论是“十八飞星”或“紫微斗数”均为在内。也因此紫微斗数被认为来自《续道藏》里收录的“十八飞星”所改良。

《紫微斗数全书》一书托名称紫微斗数为五代末的陈抟（陈希夷）所创，而汉族民间流传一种说法为吕洞宾传给陈希夷。陈希夷再将紫微斗数传给其子与徒，而之后数百年间，此术一直以孤本形式在其弟子和后代中秘传，此为其相关文献稀少原因之一。

紫微斗数在流传过程中渐渐被分为南北两派紫微斗数免费飞星，北派三卷本《紫微斗数》后被道教典籍《续道藏》所收录；南派四卷本《紫微斗数》，直到明朝嘉靖年间才由江西吉水的地理学家罗洪先刊刻流传，即后来的《紫微斗数全集》和《紫微斗数全书》；现为研究紫微斗数的第一手资料，但是皆为清同治时期的刻版。从此书内页即可得知其非一时一人一地之作，该书后来曾由江西名号“负子子”的潘希尹所补辑，亦由福建关西后裔杨一宇所添阅。

紫微斗数虽在清末崛起，但是早期的命理学中有八字学独大的情形。而随时代变迁，紫微斗数于1980年代之后在香港和台湾蓬勃发展，与八字学并称中国近代命理学中的两大显学，且凌驾八字学的形势。